+
−/* kernel_io.c - reads kernel files */
+
−
+
−#include <volume_io.h>
+
−#include "kernel_io.h"
+
−#define MAX_KERNEL_ELEMS 1000
+
−
+
−extern int verbose;
+
−
+
−static const STRING KERNEL_FILE_HEADER = "MNI Morphology Kernel File";
+
−static const STRING KERNEL_TYPE = "Kernel_Type";
+
−static const STRING NORMAL_KERNEL = "Normal_Kernel";
+
−static const STRING KERNEL = "Kernel";
+
−
+
−/* inbuilt kernels */
+
−int      n_inbuilt_kern = 4;
+
−
+
−/* returns a new Kernel struct (pointer)                */
+
−Kernel  *new_kernel(int nelems)
+
−{
+
−   int      i, j;
+
−   Kernel  *tmp;
+
−
+
−   ALLOC_VAR_SIZED_STRUCT(tmp, Real, 10);
+
−
+
−   /* allocate and initialise the Kernel Array */
+
−   SET_ARRAY_SIZE(tmp->K, 0, nelems, 10);
+
−   for(i = 0; i < nelems; i++){
+
−      ALLOC(tmp->K[i], KERNEL_DIMS + 1);
+
−
+
−      for(j = 0; j < KERNEL_DIMS; j++){
+
−         tmp->K[i][j] = 0.0;
+
−         }
+
−      tmp->K[i][KERNEL_DIMS] = 1.0;
+
−
+
−      }
+
−   tmp->nelems = nelems;
+
−
+
−   return tmp;
+
−   }
+
−
+
−/* reads in a Kernel from a file                        */
+
−Status input_kernel(const char *kernel_file, Kernel * kernel)
+
−{
+
−   int      i, j;
+
−
+
−   STRING   line;
+
−   STRING   type_name;
+
−   STRING   str;
+
−   Real     tmp_real;
+
−   FILE    *file;
+
−
+
−   /* parameter checking */
+
−   if(kernel_file == NULL){
+
−      print_error("input_kernel(): passed NULL FILE.\n");
+
−      return (ERROR);
+
−      }
+
−
+
−   file = fopen(kernel_file, "r");
+
−   if(file == NULL){
+
−      print_error("input_kernel(): error opening Kernel file.\n");
+
−      return (ERROR);
+
−      }
+
−
+
−   /* okay read the header */
+
−   if(mni_input_string(file, &line, (char)0, (char)0) != OK){
+
−      delete_string(line);
+
−      print_error("input_kernel(): could not read header in file.\n");
+
−      return (ERROR);
+
−      }
+
−
+
−   if(!equal_strings(line, KERNEL_FILE_HEADER)){
+
−      delete_string(line);
+
−      print_error("input_kernel(): invalid header in file.\n");
+
−      return (ERROR);
+
−      }
+
−
+
−   /* --- read the type of Kernel */
+
−   if(mni_input_keyword_and_equal_sign(file, KERNEL_TYPE, FALSE) != OK){
+
−      return (ERROR);
+
−      }
+
−
+
−   if(mni_input_string(file, &type_name, (char)';', (char)0) != OK){
+
−      print_error("input_kernel(): missing kernel type.\n");
+
−      return (ERROR);
+
−      }
+
−
+
−   if(mni_skip_expected_character(file, (char)';') != OK){
+
−      return (ERROR);
+
−      }
+
−
+
−   if(!equal_strings(type_name, NORMAL_KERNEL)){
+
−      print_error("input_kernel(): invalid kernel type.\n");
+
−      delete_string(type_name);
+
−      return (ERROR);
+
−      }
+
−   delete_string(type_name);
+
−
+
−   /* --- read the next string */
+
−   if(mni_input_string(file, &str, (char)'=', (char)0) != OK)
+
−      return (ERROR);
+
−
+
−   if(!equal_strings(str, KERNEL)){
+
−      print_error("Expected %s =\n", KERNEL);
+
−      delete_string(str);
+
−      return (ERROR);
+
−      }
+
−   delete_string(str);
+
−
+
−   if(mni_skip_expected_character(file, (char)'=') != OK){
+
−      return (ERROR);
+
−      }
+
−
+
−   /* now read the elements (lines) of the kernel */
+
−   if(verbose){
+
−      fprintf(stderr, "Reading [%s]", kernel_file);
+
−      }
+
−   for(i = 0; i < MAX_KERNEL_ELEMS; i++){
+
−
+
−      /* allocate a bit of memory */
+
−      SET_ARRAY_SIZE(kernel->K, kernel->nelems, kernel->nelems + 1, 10);
+
−      ALLOC(kernel->K[i], KERNEL_DIMS + 1);
+
−
+
−      /* get the 5 dimension vectors and the coefficient */
+
−      for(j = 0; j < 6; j++){
+
−         if(mni_input_real(file, &tmp_real) == OK){
+
−            kernel->K[i][j] = tmp_real;
+
−            }
+
−         else {
+
−            /* check for end */
+
−            if(mni_skip_expected_character(file, (char)';') == OK){
+
−               kernel->nelems = i;
+
−               if(verbose){
+
−                  fprintf(stderr, " %dx%d Kernel elements read\n", i, kernel->nelems);
+
−                  }
+
−               return (OK);
+
−               }
+
−            else {
+
−               print_error("input_kernel(): error reading kernel [%d,%d]\n", i + 1,
+
−                           j + 1);
+
−               return (ERROR);
+
−               }
+
−            }
+
−         }
+
−      kernel->nelems++;
+
−
+
−      if(verbose){
+
−         fprintf(stderr, ".");
+
−         fflush(stderr);
+
−         }
+
−      }
+
−
+
−   /* SHOLDN'T BE REACHED */
+
−   print_error("input_kernel(): Glark! Something is amiss in the State of Kansas\n");
+
−   return (ERROR);
+
−   }
+
−
+
−/* pretty print a kernel */
+
−int print_kernel(Kernel * kernel)
+
−{
+
−   int      i, j;
+
−
+
−   fprintf(stderr, "           x       y       z       t       v   coeff\n");
+
−   fprintf(stderr, "     -----------------------------------------------\n");
+
−   for(i = 0; i < kernel->nelems; i++){
+
−      fprintf(stderr, "[%02d]", i);
+
−      for(j = 0; j < KERNEL_DIMS + 1; j++){
+
−         fprintf(stderr, "%8.02f", kernel->K[i][j]);
+
−         }
+
−      fprintf(stderr, "\n");
+
−      }
+
−
+
−   return (TRUE);
+
−   }
+
−
+
−int setup_pad_values(Kernel * kernel)
+
−{
+
−   int      c, n;
+
−
+
−   /* init padding values */
+
−   for(n = 0; n < KERNEL_DIMS; n++){
+
−      kernel->pre_pad[n] = 0;
+
−      kernel->post_pad[n] = 0;
+
−      }
+
−
+
−   /* find the padding sizes */
+
−   for(c = 0; c < kernel->nelems; c++){
+
−      for(n = 0; n < KERNEL_DIMS; n++){
+
−         if(kernel->K[c][n] < kernel->pre_pad[n]){
+
−            kernel->pre_pad[n] = kernel->K[c][n];
+
−            }
+
−
+
−         if(kernel->K[c][n] > kernel->post_pad[n]){
+
−            kernel->post_pad[n] = kernel->K[c][n];
+
−            }
+
−         }
+
−      }
+
−
+
−   return (TRUE);
+
−   }
+
−
+
−/* 2D 4 connectivity kernel                              */
+
−/*            x       y       z       t       v   coeff  */
+
−/*      -----------------------------------------------  */
+
−/* [00]    1.00    0.00    0.00    0.00    0.00    1.00  */
+
−/* [01]   -1.00    0.00    0.00    0.00    0.00    1.00  */
+
−/* [02]    0.00    1.00    0.00    0.00    0.00    1.00  */
+
−/* [03]    0.00   -1.00    0.00    0.00    0.00    1.00  */
+
−Kernel  *get_2D04_kernel(void)
+
−{
+
−   Kernel  *K = new_kernel(4);
+
−
+
−   K->K[0][0] = 1.0;
+
−   K->K[1][0] = -1.0;
+
−
+
−   K->K[2][1] = 1.0;
+
−   K->K[3][1] = -1.0;
+
−
+
−   return K;
+
−   }
+
−
+
−/* 2D 8 connectivity kernel                              */
+
−/*            x       y       z       t       v   coeff  */
+
−/*      -----------------------------------------------  */
+
−/* [00]    1.00    1.00    0.00    0.00    0.00    1.00  */
+
−/* [01]    1.00    0.00    0.00    0.00    0.00    1.00  */
+
−/* [02]    1.00   -1.00    0.00    0.00    0.00    1.00  */
+
−/*                                                       */
+
−/* [03]    0.00    1.00    0.00    0.00    0.00    1.00  */
+
−/* [04]    0.00   -1.00    0.00    0.00    0.00    1.00  */
+
−/*                                                       */
+
−/* [05]   -1.00    1.00    0.00    0.00    0.00    1.00  */
+
−/* [06]   -1.00    0.00    0.00    0.00    0.00    1.00  */
+
−/* [07]   -1.00   -1.00    0.00    0.00    0.00    1.00  */
+
−Kernel  *get_2D08_kernel(void)
+
−{
+
−   Kernel  *K = new_kernel(8);
+
−
+
−   K->K[0][0] = 1.0;
+
−   K->K[0][1] = 1.0;
+
−
+
−   K->K[1][0] = 1.0;
+
−
+
−   K->K[2][0] = 1.0;
+
−   K->K[2][1] = -1.0;
+
−
+
−   K->K[3][1] = 1.0;
+
−
+
−   K->K[4][1] = -1.0;
+
−
+
−   K->K[5][0] = -1.0;
+
−   K->K[5][1] = 1.0;
+
−
+
−   K->K[6][0] = -1.0;
+
−
+
−   K->K[7][0] = -1.0;
+
−   K->K[7][1] = -1.0;
+
−
+
−   return K;
+
−   }
+
−
+
−/* 3D 6 connectivity kernel                              */
+
−/*            x       y       z       t       v   coeff  */
+
−/*      -----------------------------------------------  */
+
−/* [00]    1.00    0.00    0.00    0.00    0.00    1.00  */
+
−/* [01]   -1.00    0.00    0.00    0.00    0.00    1.00  */
+
−/* [02]    0.00    1.00    0.00    0.00    0.00    1.00  */
+
−/* [03]    0.00   -1.00    0.00    0.00    0.00    1.00  */
+
−/* [04]    0.00    0.00    1.00    0.00    0.00    1.00  */
+
−/* [05]    0.00    0.00   -1.00    0.00    0.00    1.00  */
+
−Kernel  *get_3D06_kernel(void)
+
−{
+
−   Kernel  *K = new_kernel(6);
+
−
+
−   K->K[0][0] = 1.0;
+
−   K->K[1][0] = -1.0;
+
−
+
−   K->K[2][1] = 1.0;
+
−   K->K[3][1] = -1.0;
+
−
+
−   K->K[4][2] = 1.0;
+
−   K->K[5][2] = -1.0;
+
−
+
−   return K;
+
−   }
+
−
+
−/* 3D 26 connectivity kernel                             */
+
−/*            x       y       z       t       v   coeff  */
+
−/*      -----------------------------------------------  */
+
−/* [00]    1.00    1.00    1.00    0.00    0.00    1.00  */
+
−/* [01]    1.00    1.00    0.00    0.00    0.00    1.00  */
+
−/* [02]    1.00    1.00   -1.00    0.00    0.00    1.00  */
+
−
+
−/* [03]    1.00    0.00    1.00    0.00    0.00    1.00  */
+
−/* [04]    1.00    0.00    0.00    0.00    0.00    1.00  */
+
−/* [05]    1.00    0.00   -1.00    0.00    0.00    1.00  */
+
−
+
−/* [06]    1.00   -1.00    1.00    0.00    0.00    1.00  */
+
−/* [07]    1.00   -1.00    0.00    0.00    0.00    1.00  */
+
−/* [08]    1.00   -1.00   -1.00    0.00    0.00    1.00  */
+
−
+
−/* [09]    0.00    1.00    1.00    0.00    0.00    1.00  */
+
−/* [10]    0.00    1.00    0.00    0.00    0.00    1.00  */
+
−/* [11]    0.00    1.00   -1.00    0.00    0.00    1.00  */
+
−
+
−/* [12]    0.00    0.00    1.00    0.00    0.00    1.00  */
+
−/* ----    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    ----  */
+
−/* [13]    0.00    0.00   -1.00    0.00    0.00    1.00  */
+
−
+
−/* [14]    0.00   -1.00    1.00    0.00    0.00    1.00  */
+
−/* [15]    0.00   -1.00    0.00    0.00    0.00    1.00  */
+
−/* [16]    0.00   -1.00   -1.00    0.00    0.00    1.00  */
+
−
+
−/* [17]   -1.00    1.00    1.00    0.00    0.00    1.00  */
+
−/* [18]   -1.00    1.00    0.00    0.00    0.00    1.00  */
+
−/* [19]   -1.00    1.00   -1.00    0.00    0.00    1.00  */
+
−
+
−/* [20]   -1.00    0.00    1.00    0.00    0.00    1.00  */
+
−/* [21]   -1.00    0.00    0.00    0.00    0.00    1.00  */
+
−/* [22]   -1.00    0.00   -1.00    0.00    0.00    1.00  */
+
−
+
−/* [23]   -1.00   -1.00    1.00    0.00    0.00    1.00  */
+
−/* [24]   -1.00   -1.00    0.00    0.00    0.00    1.00  */
+
−/* [25]   -1.00   -1.00   -1.00    0.00    0.00    1.00  */
+
−Kernel  *get_3D26_kernel(void)
+
−{
+
−   Kernel  *K = new_kernel(26);
+
−
+
−   K->K[0][0] = 1.0;
+
−   K->K[0][1] = 1.0;
+
−   K->K[0][2] = 1.0;
+
−
+
−   K->K[1][0] = 1.0;
+
−   K->K[1][1] = 1.0;
+
−
+
−   K->K[2][0] = 1.0;
+
−   K->K[2][1] = 1.0;
+
−   K->K[2][2] = -1.0;
+
−
+
−   K->K[3][0] = 1.0;
+
−   K->K[3][2] = 1.0;
+
−
+
−   K->K[4][0] = 1.0;
+
−
+
−   K->K[5][0] = 1.0;
+
−   K->K[5][2] = -1.0;
+
−
+
−   K->K[6][0] = 1.0;
+
−   K->K[6][1] = -1.0;
+
−   K->K[6][2] = 1.0;
+
−
+
−   K->K[7][0] = 1.0;
+
−   K->K[7][1] = -1.0;
+
−
+
−   K->K[8][0] = 1.0;
+
−   K->K[8][1] = -1.0;
+
−   K->K[8][2] = -1.0;
+
−
+
−   K->K[9][1] = 1.0;
+
−   K->K[9][2] = 1.0;
+
−
+
−   K->K[10][1] = 1.0;
+
−
+
−   K->K[11][1] = 1.0;
+
−   K->K[11][2] = -1.0;
+
−
+
−   K->K[12][2] = 1.0;
+
−
+
−   K->K[13][2] = -1.0;
+
−
+
−   K->K[14][1] = -1.0;
+
−   K->K[14][2] = 1.0;
+
−
+
−   K->K[15][1] = -1.0;
+
−
+
−   K->K[16][1] = -1.0;
+
−   K->K[16][2] = -1.0;
+
−
+
−   K->K[17][0] = -1.0;
+
−   K->K[17][1] = 1.0;
+
−   K->K[17][2] = 1.0;
+
−
+
−   K->K[18][0] = -1.0;
+
−   K->K[18][1] = 1.0;
+
−
+
−   K->K[19][0] = -1.0;
+
−   K->K[19][1] = 1.0;
+
−   K->K[19][2] = -1.0;
+
−
+
−   K->K[20][0] = -1.0;
+
−   K->K[20][2] = 1.0;
+
−
+
−   K->K[21][0] = -1.0;
+
−
+
−   K->K[22][0] = -1.0;
+
−   K->K[22][2] = -1.0;
+
−
+
−   K->K[23][0] = -1.0;
+
−   K->K[23][1] = -1.0;
+
−   K->K[23][2] = 1.0;
+
−
+
−   K->K[24][0] = -1.0;
+
−   K->K[24][1] = -1.0;
+
−
+
−   K->K[25][0] = -1.0;
+
−   K->K[25][1] = -1.0;
+
−   K->K[25][2] = -1.0;
+
−
+
−   return K;
+
−   }